阿法骨化醇软胶囊和骨化三醇有很多相似之处，但也存在一些区别。首先是成分方面：阿法骨化醇软胶囊主要成分是由骨化醇构成的；而骨化三醇则含有三种重要的骨化营养物质：胆酸、叶酸和维生素D3。

其次是作用方面：阿法骨化醇软胶囊可以帮助骨骼质量的生长和维护，适用于骨质疏松症、骨质流失等病症的治疗；而骨化三醇则有助于补充人体所需的三种重要的骨化营养物质：胆酸、叶酸和维生素D3，有助于预防骨质疏松症、骨质流失等病症的发生。

此外，用法用量也有所不同：阿法骨化醇软胶囊每次1 粒，一日2次；而骨化三醇为每次1片，一日2次。

再者，用药期限亦有所差异：阿法骨化醇软胶囊为2 周；而骨化三醇为4 周。

最后，还有安全性方面的不同：阿法骨化醇软胶囊和骨化三醇均有临床证据显示其安全性，但是，阿法骨化醇软胶囊可能会引起消化不良的副反应，如恶心、呕吐等，对于婴儿和孕妇也不宜服用；而骨化三醇不仅对婴儿和孕妇都是安全的，而且若按照用药说明服用，也不会出现副反应。

总之，阿法骨化醇软胶囊和骨化三醇虽然都有助于预防骨质疏松症、骨质流失等病症，但是也存在很多不同之处，比如成分、作用、用法用量、用药期限以及安全性等，因此，在服用这两种药物前，最好还是先咨询专业的医生，以免引起不良的后果。