黄连上清丸主要具有散风清热、泻火止痛的作用，用于治疗肺胃热盛所导致的头晕目眩或者牙齿疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛、大便秘结、小便短赤等症状。这个方子中含有黄连，它是大苦大寒的药物，可以泻中焦的实火，石膏可以起到清热泻火和清肺、胃实热的作用，黄芩可以清泻肺经的热，栀子可以清泄三焦的实火，使热从小便中清除，大黄还可以荡涤胃肠的实热，连翘、蔓荆子、薄荷、菊花、荆芥穗、白芷、桔梗、防风都有辛散的性质，可以祛风散邪，黄柏能起到清泻下焦湿热的作用。

黄连上清丸含有众多散风清热、泻火解毒的中药，其中黄芩清上焦肺火、黄连清中焦胃火、黄柏清下焦火热、栀子通泻三焦郁火；大黄荡涤胃肠积热；薄荷、菊花等清舒上焦风热；石膏、连翘等清解肺胃郁热，使得表邪里热双解。该药具有清热通便、散风止痛的功效，对于风热上攻，加上肺胃热盛导致的头晕目眩、牙龈疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛、耳痛、耳鸣、大便秘结、小便短赤(每次小便量少且颜色深)有较好的缓解效果。

黄连上清丸不建议长期服用，因为黄连上清丸药性苦寒，易伤阳气，特别是伤脾肾，并且孕妇不能服用黄连上清丸，服用可能会导致宝宝畸形，脾胃虚寒的患者服用黄连上清丸会引起腹泻、腹痛、腹胀等不良症状。吃了黄连上清丸，拉肚子后应立即停药，多喝热水，看休息后能否缓解，如果不能缓解，应及时就医，可在医生指导下口服蒙脱石散、补脾益肠丸等药物止泻。