在临床上盐酸多西环素胶囊主要用于敏感菌所导致的感染性疾病，由于此药物的耐药性比较广泛，目前主要用于具有确切证据的敏感菌所导致的感染性疾病。此药物通常用于立克次氏体感染、支原体感染、衣原体感染，也可以用于鼠疫以及严重痤疮的辅助治疗。

盐酸多西环素胶囊的用法用量是口服，抗菌及抗寄生虫感染：成人，第一日100mg，每12小时1次，继以100～200mg，一日1次，或50～100mg，每12小时1次。 淋病奈瑟菌性尿道炎和宫颈炎：一次100mg，每12小时1次。共7日。非淋病奈瑟菌性尿道炎，由沙眼衣原体或解脲脲原体引起者，以及沙眼衣原体所致的单纯性尿道炎、宫颈炎或直肠感染：均为一次100mg，一日2次，疗程至少7日。梅毒：一次150mg，每12小时1次，疗程至少10日。8岁以上小儿第一日按体重2.2mg/kg，每12小时1次，继以按体重2.2～4.4mg/kg，一日1次，或按体重2.2mg/kg，每12小时1次。体重超过45kg的小儿用量同成人。

盐酸多西环素胶囊应在饭后半小时左右服用。多西环素是半合成四环素类抗生素，本药物是快速抑菌剂，抗菌谱广，对多种革兰氏阳性菌、革兰氏阴性杆菌以及立克次体、支原体、衣原体、非典型分枝杆菌属和阿米巴原虫均有抑制作用，可用于敏感菌所导致的上下呼吸道感染、胆道感染、淋巴结炎、蜂窝织眼等。也可用于治疗斑疹伤寒、羌虫病、支原体肺炎、泌尿生殖道支原体感染以及沙眼衣原体感染等。服用多西环素片的副作用主要是会出现恶心、呕吐、食欲不振、消化不良等胃肠道症状，所以建议患者在饭后服用，这些不良反应通常在停药之后就会自行消失。