黄连上清丸中含有黄连，它是大苦大寒的药物，可以泻中焦的实火，石膏可以起到清热泻火和清肺、胃实热的作用，黄芩可以清泻肺经的热，栀子可以清泄三焦的实火，使热从小便中清除，大黄还可以荡涤胃肠的实热，连翘、蔓荆子、薄荷、菊花、荆芥穗、白芷、桔梗、防风都有辛散的性质，可以祛风散邪，黄柏能起到清泻下焦湿热的作用。

黄连上清丸含有众多散风清热、泻火解毒的中药，其中黄芩清上焦肺火、黄连清中焦胃火、黄柏清下焦火热、栀子通泻三焦郁火；大黄荡涤胃肠积热；薄荷、菊花等清舒上焦风热；石膏、连翘等清解肺胃郁热，使得表邪里热双解。该药具有清热通便、散风止痛的功效，对于风热上攻，加上肺胃热盛导致的头晕目眩、牙龈疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛、耳痛、耳鸣、大便秘结、小便短赤(每次小便量少且颜色深)有较好的缓解效果。现代研究表明，本品还具有抗菌、抗炎、解热、镇痛、通便的作用，临床上还可在医师指导下用于治疗急性结膜炎、急性化脓性中耳炎、急性口炎、复发性口疮、急性牙龈炎、急性智齿冠周炎、急性咽炎等。

黄连上清丸的用药禁忌，说明书中明确标注了脾胃虚寒的人不适合食用，是禁用的。除此以外，还有些注意事项，服药期间要忌烟酒和辛辣的食物，而且服药期间也不要服用滋补性的中药。如果服药后大便次数增多而且不成形，这个时候应该酌情减量。它有对症的治疗作用，所以服药三天如果症状没有缓解，应该及时停药，到医院就诊。有慢性病、特殊人群用药需要咨询相关的主治医生，用药前还要注意看一看药品的说明书，了解注意事项以及用法、用量等。