黄连上清丸有散风清热、泻火止痛的作用，可治疗风热上攻、肺胃热盛所致的头晕目眩、牙齿疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛、耳痛耳鸣、大便秘结、小便短赤。口服，水丸或水蜜丸一次3~6克，大蜜丸一次1~2丸，一日2次。外感疾病治疗不及时，就会入里化热，引起肺胃热盛。黄连上清丸中的黄芩、黄连主要清肺胃之热，风热上攻导致经络不畅，所以会头痛，用白芷、菊花、薄荷、川芎、蔓荆子治头疼。火乃阳气淤滞，取防风、荆芥穗去风解郁，治火之本。桔梗引药上行，大黄通便泄热，栀子泄三焦火热，旋覆花降气，连翘清热解毒，黄柏清肝肾相火，甘草调和诸药。

黄连上清丸主要具有散风清热、泻火止痛的作用，用于治疗肺胃热盛所导致的头晕目眩或者牙齿疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛、大便秘结、小便短赤等症状。这个方子中含有黄连，它是大苦大寒的药物，可以泻中焦的实火，石膏可以起到清热泻火和清肺、胃实热的作用，黄芩可以清泻肺经的热，栀子可以清泄三焦的实火，使热从小便中清除，大黄还可以荡涤胃肠的实热，连翘、蔓荆子、薄荷、菊花、荆芥穗、白芷、桔梗、防风都有辛散的性质，可以祛风散邪，黄柏能起到清泻下焦湿热的作用。

另外黄连上清丸药性寒凉，脾胃虚寒者禁用，服药三天症状未改善应去医院就诊。有心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者，或正在接受其他治疗的患者，应在医生指导下服用。